由于本作的主角曹操是和刘备及诸葛亮都完全不同的人物，所以《曹操传》在剧情设计上与广大玩家所提倡的多任务支线式剧情巧妙地联系在一起，专门为曹操设计了一个“忠奸度”的属性。在游戏中会经常出现一些和剧情发展有关的选项让玩家决定，而玩家的两种不同的选择会分别使曹操的“奸雄”指数或“英雄”指数上升。直到最后游戏看哪种性格的指数多来决定将游戏结局往不同的“奸雄路”或“英雄路”发展。一般来说，如果玩家在做这些选择时能和《三国演义》原著一致，则曹操会一直向“奸雄”的方向发展。和《英杰传》及《孔明传》不同的是，不论玩家选择“奸雄路”或是“英雄路”，曹操到最后都能够一统天下，不会出现像刘备诸葛亮在白帝城和五丈原的遗憾。优秀的剧情设定使得该款游戏成为了三国RPG游戏的精品。